Das kann mit deiner Nockenwelle zusammenhängen. Kann aber genau so gut sein, dass das völlig normal und bislang nur noch niemandem aufgefallen ist. Ein Vierzylinder-Boxer zündet immer zwei links - zwei rechts ("zwei fallen lassen", würde Mutti jetzt noch anfügen, aber da redet sie vom Stricken ). Die möglichen Zündfolgen sind 1-2-3-4 oder, wie bei VW, 1-4-3-2. Der läuft also nur vernünftig mit vier Einzelvergasern oder eben mit zweien, die das vordere und das hintere Paar bedienen, was dann aber lange Saugrohre bedingt. (Deshalb wird das nicht gemacht. Ein Einzelvergaser wäre dann genau so gut.) Wie auch immer: Ich würde das zunächst mal beiseite schieben und mich auf diese Bremskraftverstärkergeschichte konzentrieren.
Grundsätzlich muss der Motor ohne das Leerlaufsystem (Kabel am "dritten Vergaser" abziehen) und ohne das BKV-Verbindungsrohr genau so laufen wie mit diesem Rohr, und es muss sich dann in beiden Fällen (also mit und ohne Rohr) auch links und rechts der gleiche Drehzahlabfall einstellen, wenn man das Kabel an einem der beiden Leerlaufdüsen-Magnetventile abzieht. Solange dies nicht der Fall ist, sind die Vergaser nicht sauber synchronisiert, und gerade dieses dicke BKV-Verbindungsrohr kaschiert dabei auch grobe Ungleichheiten so weg, dass der Motor im Leerlauf trotzdem völlig unauffällig läuft.