Hallo Tommi,
Ja, es gibt Probleme mit dem Füller und nein, der haftet nicht.
http://de.wikipedia.org/wiki/Unterbodenschutz
Vermutlich ist deiner auf Bitumenbasis. Wie du ihn am besten entfernst, kommt auf die Art des Unterbodens an. Auf Bitumenbasis geht erwärmen (Heißluftföhn) und abkratzen, dann mit Verdünner (oder benzin) reinigen. Am saubersten (aber wohl nicht billig) ist das Trockeneisstrahlen.
Wenn du den überstreichst / füllerst / oder sonstwie behandelst gibt das m.E. kein gutes Ergebnis.
Grüße, Andreas